Han fordypet seg i psykologiske studier og dro til Zürich. Der møtte han, blant andre, Carl Gustav Jung.
De to ble gode venner. Da Assagioli var 21 år gammel tok han sin doktorgrad i psykoanalyse. Han brukte psykoanalysen, men begynte å inkludere elementer som gikk langt ut over dens teorier. Assagioli tok ikke avstand til psykoanalysen, men mente at den var for snever og manglet noe vesentlig.
Han ble opptatt av sjelen og de høyere egenskaper. Assagioli mente disse var en del av menneskets natur. Han kalte de høyere egenskapene for transpersonlige egenskaper. Eksempler på disse er kjærlighet, empati, kreativitet, vilje og glede. I 1911 begynte Assagioli å utforme psykosyntesens begreper.
The Institute of Psychosynthesis” ble opprettet i Roma i 1928. I en materiell og mekanistisk tid brakte Assagioli inn et nytt psykologisk perspektiv. Han inkluderte alle dimensjonene av den menneskelige erfaringen: fysisk, emosjonell, mental og spirituell.
Psykosyntesen er en syntese av østlige tradisjoner (selvutvikling) og vestlig psykologi. Assagioli hadde et helhetlig syn på mennesket som var langt forut for sin tid. Først etter at den transpersonlige psykologien kom til syne i Europa fikk Assagioli en anerkjent plass innenfor denne retningen. Det er i dag mange skoler rundt om i verden.
Freud var ifølge Assagioli for opptatt av "kjelleren" i mennesket, driftene, fortrengningene og fortiden. Assagioli sa i 1965: "Psykosyntesen aksepterer den ideen at spirituelle drivkrefter og energier er likså virkelige og fundamentale som de seksuelle og aggressive driftene" Assagiolis Psykosyntese var transpersonlig og humanistisk allerede i 1910. Hans syn ble ikke bredt anerkjent før på 1970 tallet. Han døde i 1974.